میدان مغناطیسی زمین از آهن مذاب و چرخان درون هسته منشا می گیرد و نوعی نیروی محرکه ایجاد می کند. در مشتری، نوع کمیاب از مواد به نام هیدروژن فلزی نیروی میدان مغناطیسی را تامین می کند.
گرانش مشتری به این معنی است که فشار شدیدی بر هسته وارد می کند و باعث تشکیل ماده عجیب و غریبی می شود که در سایر بخش های منظومه شمسی یافت نمی شود. هیدروژن، سبک ترین عنصر جدول تناوبی و معمولاً به صورت گاز در مشتری فشرده می شود تا جایی که الکترون های آن از اتم هایش جدا شده و آزادانه حرکت می کنند.
دریای الکترون های آزاد نوعی نیروی محرکه و میدان مغناطیسی بسیار قوی ایجاد می کند. میدان تأثیر مغناطیسی مشتری وسیعتر از میدان تأثیر مغناطیسی خورشید است. این مگنتوسفر به اندازه کافی بزرگ است که از سیاره در برابر بادهای خورشیدی محافظت کند و ذرات خورشیدی را به مدار زحل منتقل کند. در واقع، مشتری ممکن است هدفی گریزان برای باد خورشیدی باشد، اما سیاره و قمرهای آن ذرات پرانرژی خود را ساطع می کنند. این ذرات توسط میدان مغناطیسی که مشتری را از بمباران یونی محافظت می کند به دام افتاده و شتاب می گیرند.
ذرات باردار از قمر مشتری Io سرچشمه می گیرند که مواد آتشفشانی آن در اثر فرار الکترون ها از مولکول های آن به هم می خورد. الکترون‌های آزاد تقریباً با سرعت نور در اطراف مشتری حرکت می‌کنند و امواج رادیویی ساطع می‌کنند. این امواج رادیویی از نقطه نظر علمی یک مشکل هستند زیرا با سیگنال های راداری که دانشمندان از زمین برای کاوش در داخل مشتری می فرستند تداخل ایجاد می کنند.
پرتو الکترونی همچنین کمربندی از پرتوها را ایجاد می کند که با فضاپیمای بازدیدکننده برخورد می کند. با توجه به تمام این موانع، دانشمندان کاوشگر جونو را به شکل یک تانک زرهی ساختند و تمام قطعات الکترونیکی حساس آن را در یک گنبد تیتانیومی محافظ الکترونی قرار دادند که وزن آن حدود 181 کیلوگرم است.
لازم به ذکر است که مغناطیس کره قدرتمند مشتری شفق چشمگیری ایجاد می کند. این زمانی اتفاق می افتد که الکترون هایی که در جهات مختلف حرکت می کنند با اتم های جو برخورد می کنند و منجر به انفجارهای نور می شوند. از آنجایی که میدان مغناطیسی به اندازه کافی بزرگ است که قمرها را بپوشاند، گدازه آیو را به نقطه دیگری هدایت می کند. دانشمندان همچنین این آلاینده ها را در اروپا، قمر دیگری از مشتری در صدها کیلومتری آیو، دیده اند.